Ahlaki değerlerdeki çöküşün yaşandığı fütüristik dünyada, casus ve katil olan Aeon Flux, dev bir duvarla çevrili Bregna'yı yöneten Goodchild hanedanını devirmeye çalışan Monica ajanıdır. Ayrıca, güç delisi diktatör Trevor Goldchild tarafından yönetilen Bregna'da özgürlük sorunu yaşanmaktadır.
